A partire dal XIII sec. la crisi delle due principali istituzioni, l’impero e il papato, coincise con la formazione di quelle grandi monarchie nazionali (Inghilterra, Francia e Spagna) che si sarebbero consolidate nei due secoli seguenti.
In questo periodo due sono i papi da ricordare. Bonifacio VIII divenne papa in seguito all’abdicazione di Celestino V (il papa che fece il gran rifiuto). Condusse una strenua battaglia a favore del trionfo dei fondamenti della teocrazia medievale contro le nuove forze politiche. Abile giurista, fece pubblicare una raccolta di leggi canoniche (Liber Sextus). Emanò la bolla Ausculta fili, accusando Filippo IV il Bello di Francia di volere ridimensionare l’influenza della Chiesa nello Stato. Emanò poi la Unam Sanctam per affermare la libertas ecclesiae e il potere assoluto del papato. Accusato di eresia da Filippo, fu imprigionato ad Anagni (1303; la leggenda attribuisce a Sciarra Colonna l’atto di schiaffeggiare Bonifacio VIII nella cittadina laziale). Liberato, morì poco tempo dopo.
Urbano VI sconfisse l’antipapa Clemente VII che gli era stato contrapposto dai vescovi francesi, costringendolo a rifugiarsi ad Avignone, dando così però inizio allo scisma d’Occidente (1378-1417). Si ebbero due opposte obbedienze papali, con sede una a Roma l’altra ad Avignone; a questo si aggiungevano gli scontri politici dei nuovi Stati europei. Il papa avignonese era sostenuto dalla Francia di Carlo V, dalla Scozia, dalla Lorena e dall’Aragona, mentre il papa romano aveva il sostegno dell’impero germanico. Lo scisma rientrò definitivamente con l’elezione di Martino V nel novembre del 1417.
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