Nell’epoca preindustriale e in quella che ha visto la nascita della rivoluzione industriale, le malattie erano perlopiù di origine infettiva. Nel corso dei primi anni del XIX secolo, il medico francese Bretonneau, considerato uno dei pionieri della medicina moderna, arrivò a ipotizzare che la specificità clinica di determinate patologie (per esempio, la difterite) fosse legata al fatto di avere una causa specifica, ovvero di essere prodotte da microrganismi la cui trasmissione avveniva tramite contagio. L’ipotesi di Bretonneau era corretta e fu confermata da Pasteur e Koch. Pasteur è stato un chimico e biologo francese ed è considerato, insieme a Koch, uno dei fondatori della moderna microbiologia medica; le sue ricerche sulle malattie veterinarie posero le basi degli studi sull’immunità; egli scoprì che il contatto dell’organismo con microrganismi meno vitali causa in esso una resistenza e, se l’organismo sopravvive a una prima infezione, tale resistenza tende a divenire permanente conferendo quindi un’immunità alle infezioni; per ottenerla si doveva quindi ridurre la capacità infettiva dei batteri per poi inocularli nell’organismo da proteggere (vaccinazione); nel corso della sua vita, Pasteur studiò cause e modalità di prevenzione di molte patologie, ma viene soprattutto ricordato per i suoi studi sulla rabbia (idrofobia), malattia dall’esito fatale le cui cause erano ancora sconosciute; Pasteur riuscì a sviluppare, grazie alle sue intuizioni, una forma attenuata del virus responsabile della patologia che era utilizzabile come vaccino. La prima sperimentazione umana avvenne nel 1885 su un bambino di nove anni.
Grande rivale di Pasteur fu Koch, medico e batteriologo tedesco, noto fra le altre cose, per la scoperta dell’agente causale della tubercolosi, il Mycobacterium tuberculosis, detto appunto anche bacillo di Koch. Proprio per le sue indagini e scoperte sulla tubercolosi, il medico tedesco fu insignito del premio Nobel per la Medicina.
La microbiologia medica è da molti ritenuta la scienza sperimentale che più ha influenzato la medicina, in quanto ha stimolato la nascita di nuovi ambiti di ricerca.
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