Il primo botanico è considerato Teofrasto che attorno al IV sec. a.C. descrisse oltre 500 piante che avevano proprietà medicinali. Nel I sec. d.C. con la sua Naturalis Historia Plinio il Vecchio fu il primo ad affrontare la botanica in senso enciclopedico.
Fu solo nel Rinascimento che la botanica divenne scienza autonoma, con la nascita dei primi orti botanici e delle prime raccolte sistematiche di piante essiccate. In Italia, fondamentale l’apporto di Giovanni Antonio Scopoli, che all’Orto botanico di Pavia per la prima volta raccolse e classificò più di un centinaio di specie fungine. In questo periodo in Italia fu importante anche l’opera di Andrea Cesalpino (XVI sec.), uno dei fondatori della sistematica del mondo vegetale.
Le esplorazioni extraeuropee portarono alla conoscenza di numerosissime specie, attirando ulteriormente l’attenzione sulla botanica; divenne comune la figura del naturalista viaggiatore che nei suoi diari descriveva nuove specie di piante e fiori (da ricordare Louis Antoine de Bougainville, Alexander von Humboldt, Guglielmo Gasparrini fino a Charles Darwin).
L’aspetto scientifico divenne prevalente nell’opera del botanico svedese Carlo Linneo che si occupò di una rigorosa classificazione delle piante. Nel 1735, Linneo espose (Systema naturae) i suoi criteri di classificazione dei regni animale, vegetale e minerale.
Lo svedese Carl von Linnè (il cui nome fu latinizzato in Carl Linnaeus, conosciuto in Italia come Linneo) è considerato il creatore dell’attuale nomenclatura scientifica delle specie viventi
Una decina di anni dopo, Georges-Louis Leclerc de Buffon pubblicò la sua Histoire naturelle nella quale introdusse il sistema di nomenclatura binomiale, secondo il quale ogni vivente è identificato indicando genere e specie (per esempio Convallaria majalis indica il mughetto). Contrariamente a quanto si pensa, il sistema fu proposto inizialmente da Buffon e poi migliorato da Linneo qualche anno dopo nella sua Philosophia botanica. Buffon classificava infatti per similitudine, mentre Linneo assumeva un numero maggiore di caratteri morfologici e zoogeografici. Secondo Linneo, le specie vegetali, in quanto frutto del progetto divino, erano classificabili secondo un sistema immutabile fondato sulle loro caratteristiche, arrivando a differenziarle per varietà, specie, generi, ordini e classi.
In Italia la classificazione di Linneo fu diffusa da Cesare Majoli.
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