Le encefaliti virali sono malattie con complessi problemi di diagnosi e anche la prognosi è di particolare difficoltà e con letalità molto alta. I sintomi iniziali sono in genere simili a quelli dell'influenza con febbre elevata, cefalea, fotofobia, mialgia che si risolve in circa una settimana (viremia). In questa fase la diagnosi è molto difficile e si ottiene con esami di laboratorio mediante l'isolamento ematico dell'agente o con prove di emoagglutinazione da ripetere sempre a distanza di una o due settimane per verificare la modificazione del tasso delle immunoglobuline. I sintomi successivi differiscono secondo la forma e la sede prevalentemente colpita e vengono distinte in:

1. encefaliti a prevalente localizzazione neuronale da virus poliomielitico, rabico, Coxsackie, polioencefaliti);
2. encefaliti da virus lenti;
3. encefaliti da arbovirus (nodulari);
4. encefaliti erpetiche (necrosanti acute);
5. encefaliti post-esantematiche, post-vacciniche, parainfettive.

La terapia in tutte le forme è solo sintomatica e nei casi di infezioni virali o batteriche si usano farmaci antinfiammatori, antibiotici sulfamidici, penicillina, streptomicina. La prognosi è sempre grave.