La teoria delle combinazioni alimentari nasce a opera di Herbert Shelton (1895-1985) che la descrisse nella sua opera The science and fine art of food and nutrition (1996, postumo). I cibi vengono suddivisi in classi, per esempio:

• Frutta acidula
• Frutta acidulo-zuccherina
• Frutta zuccherina
• Frutta secca
• Frutta neutra
• Miele
• Zuccheri industriali
• Amidi
• Legumi
• Proteine magre
• Proteine grasse
• Latte
• Lipidi
• Verdura poco glicidica
• Verdura mediamente glicidica

e si studiano gli effetti sulla digestione abbinando cibi appartenenti a gruppi diversi, scoprendo antipatie e simpatie, cioè combinazioni che favorirebbero od ostacolerebbero la digestione.
Per smontare la teoria delle combinazioni alimentari basta usare il Ma se… 
1) Se fosse vera, i cibi che contengono contemporaneamente sostanze incompatibili sarebbero molto poco digeribili. Si pensi alla pasta che contiene sia amidi sia proteine (per ben il 12%) oppure la normale carne grassa (che contiene sia proteine sia grasso). Che dire poi della frutta secca che è sia grassa sia proteica? Insomma la teoria delle combinazioni alimentari escluderebbe gran parte dei cibi perché incompatibili con sé stessi!
2) Se fosse vera, chi non la segue avrebbe enormi difficoltà digestive, cosa che per gran parte della popolazione non accade. Ricordiamo che una digestione difficile porta a mal assorbimento dei cibi con conseguenze facilmente immaginabili. 
Un po' di teoria - La suddivisione degli alimenti in pochi gruppi (di solito una decina) banalizza le informazioni nutrizionali. Ogni cibo è un mondo a sé che non può essere descritto con pochi elementi principali.
Le considerazioni delle combinazioni alimentari sono totalmente qualitative e sono prive di dati quantitativi a supporto. In altri termini, la digestione viene vista come un processo con poche variabili che non vengono nemmeno quantificate.
La nutrizione del soggetto non si basa solo sulla digestione del cibo, ma soprattutto sulla reperibilità di ciò che il corpo ha bisogno. Per esempio dopo un'intensa attività fisica il corpo ha bisogno sia di carboidrati sia di proteine e assumere carboidrati dopo che le proteine sono state digerite (il che può significare ore) è il miglior modo per rallentare la ricostituzione delle scorte di glicogeno.
Fermarsi alla sola digestione è cioè abbastanza riduttivo perché trascura ogni altro aspetto metabolico del cibo. Per esempio tutti sanno che qualche goccia di limone su un bistecca migliora l'assorbimento del ferro contenuto nella carne, mentre tale combinazione (proteine con frutta acida) sarebbe proibita dalla teoria di Shelton. Stessa situazione per le sostanze contenute nell'ananas che facilitano la digestione delle proteine della carne, anziché ostacolarla come suggerirebbe l'associazione frutta-carne. In altri termini, chi si ferma alla digestione è come se avesse letto solo un capitolo della fisiologia della nutrizione. 
La teoria delle combinazioni alimentari è ancora alla ribalta perché affascina chi è alla ricerca di soluzioni per problemi della salute: facilmente comprensibile (direi che è adatta alla personalità semplicistica che tende a semplificare la descrizione dei problemi) e anche in grado di ottenere anche qualche risultato:
1) effetto dimagrante (minimo). Complicando la vita al soggetto e forzando l'assunzione monotona di cibi (senza varietà diminuisce l'appetibilità del pasto) si ottiene una riduzione calorica, soprattutto in chi è in sovrappeso per iperalimentazione;
2) migliore digestione in soggetti con difficoltà digestive. Questo punto va precisato rimarcando un concetto chiaro: come la pratica dimostra, un fisico sano può tranquillamente mangiare una bistecca e poi una mela; se ha problemi, la colpa non è certo dell'alimentazione, ma di una debolezza del suo apparato digerente (in questo senso la teoria di Shelton commette un errore di generalizzazione, ampliando arbitrariamente alla popolazione considerazioni che sono valide solo per una piccola parte). Quindi la strategia giusta è di rinforzare l'apparato digerente, non di complicarsi la vita con la "fuga" da situazioni tutto sommato normali. Ulteriori esempi e dati nell'articolo sulle diete dissociate.