I prebiotici sono sostanze non digerite, ma comunque importanti in quanto favoriscono nel colon la crescita di batteri utili. Sono quindi in grado di arrivare intatti nell’intestino crasso (dove avviene in minima parte l’assorbimento del cibo e la formazione delle feci) ed essere trasformati dai batteri della flora intestinale in acidi grassi a corta catena come acetato, butirrato e propionato ecc.. Questi acidi grassi provocherebbero un calo del pH nell’intestino crasso con una presunta riduzione della crescita di batteri ad azione patogena, l’aumento dell’assorbimento di alcuni micronutrienti, una miglior "funzionalità" intestinale e altri effetti fisiologici. Il butirrato è una sostanza energetica per le cellule del colon. Inoltre i prebiotici stimolano la crescita dei Bifidobatteri (perciò vengono detti fattori bifidogenici).
Non sono da confondere con gli alimenti probiotici.
È importante conoscere almeno la denominazione dei principali prebiotici perché diventeranno sempre più frequenti nella nostra alimentazione.

• Frutto-oligosaccaridi; sono oligosaccaridi a catena corta costituiti da D-fruttosio e D-glucosio; sono prebiotici molto utilizzati, anche in associazione con probiotici, in alimenti o integratori (in tal caso la dose è di 10 g al giorno).
• Inuline; sono carboidrati che appartengono alla classe dei fruttani; si ottengono dalle radici della cicoria e del carciofo di Gerusalemme.
• Isomalto-oligosaccaridi; si formano per trasformazioni enzimatiche e sono presenti in numerosi integratori soprattutto in Giappone e negli USA.
• Lattitolo; in Europa è impiegato come dolcificante, in Giappone è usato come prebiotico, mentre negli USA è impiegato a livello sperimentale.
• Lattosaccarosio; anch'esso ottenuto per trasformazione enzimatica è usato soprattutto in Giappone e, in misura minore, negli USA.
• Lattulosio; è un disaccaride formato da D-fruttosio e D-lattosio. Negli Usa è venduto come farmaco per il trattamento della costipazione e dell'encefalopatia epatica, mentre in Giappone è impiegato come prebiotico.
• Pirodestrine; attualmente sono ancora in fase sperimentale.
• Oligosaccaridi della soia; sono commercializzati in Giappone e negli USA.
• Transgalatto-oligosaccaridi; sono costituiti da una miscela di oligosaccaridi costituiti da D-galattosio e da D-glucosio; sono commercializzati anche in Europa.
• Xilo-oligosaccaridi; commercializzati principalmente in Giappone, si stanno diffondendo anche sul mercato statunitense.

Come si vede, tranne frutto-oligosaccaridi e inuline, i prebiotici sono usati soprattutto in Giappone e, in misura minore, negli Stati Uniti. Si trovano però in molti cibi, in particolar modo nella farina di frumento, nelle banane, nel miele, nel germe di grano, nell'aglio, nella cipolla, nei fagioli e nei porri.
Se sicuramente una dose di prebiotici nell'alimentazione è corretta, non si deve sopravvalutare la loro importanza fino a spingersi a parlare di prevenzione di forme tumorali.
Esistono anche controindicazioni all'uso di alimenti contenenti prebiotici: sindrome del colon irritabile, soggetti irradiati nel tratto gastrointestinale e intolleranti al lattosio (in questo caso è da stabilire una dose massima di assunzione senza effetti collaterali).